出自の低い桐壺の更衣は、桐壺帝に格別の寵愛を受け皇子までもうけたが、第一皇子の母である右大臣の娘の弘徽殿の女御など、帝の寵愛を争う女御や更衣たちの妬みをかって、やがて病死した。遺された第二皇子は、たぐい稀な美質で人々を魅了するものの、桐壺帝は後見のない皇子の将来を憂慮し、「源」の姓を賜って臣下とした。「光る君」「光源氏」と呼ばれるゆえんである。

源氏は左大臣の娘である葵の上と政略的に結婚した。だが心馴染めず、亡き母によく似るという桐壺帝の寵妃藤壺の宮に憧れ続け、ついに密通して子をなしてしまう。この密通の事実は隠されたまま、不義の子は桐壺帝の皇子として育てられる。のちにこの皇子が帝位につき、源氏が帝の実の父となることで、いったんは遠ざけられた天皇の位に、常識を超えた方法で近づくことになる。また、源氏は藤壺への恋の渇望から、空蟬・夕顔・紫の上・末摘花・六条の御息所・朧月夜・花散里などの女たちと恋の遍歴を重ねるが、これらの恋は源氏の運命に浮沈をもたらしていく。

葵祭に見物にでた源氏の年上の愛人、六条の御息所は、正妻葵の上一行との車争いに自尊心を傷つけられ、懐妊中の葵の上に生霊となってとりついた。葵の上は男児夕霧を出産後、亡くなった。正妻を失った源氏は、かねて北山で発見し育んでいた、藤壺の姪にあたる少女と契りを交わす。以後はこの紫の上が理想的な伴侶となり、源氏の正妻格となる。

桐壺院の死後は、右大臣や弘徽殿の大后方の勢力が強くなったため、朱雀朝の東宮（皇太子）となっていた不義の子の将来を守ろうと、藤壺は出家、源氏は須磨・明石に身を潜める不遇の一時期を過ごす。源氏はこの間に明石の君とかかわり、姫君をもうける。

二年余の後、源氏は都に戻り、藤壺との不義の子が冷泉帝として即位した。帰京後の源氏は、若き日の友人であり葵の上の兄弟である頭の中将と、政治的に対立する。藤壺没後、出生の秘密を知った冷泉帝は、源氏を父として重んじるようになる。冷泉帝の後宮に先に入っていた頭の中将の子の弘徽殿の女御をさしおいて、源氏が後見する六条の御息所の遺児が中宮となった。秋好む中宮である。源氏は、紫の上と秋好む中宮をはじめ関わった女たちを、四方四季の壮大な邸六条の院に集めた。

頭の中将の子で、夕顔の遺児である玉鬘も、六条の院にひきとられる。源氏は、求婚者たちを集めると同時に自らも恋に落ちるが、玉鬘は鬚黒の大将と結婚してしまう。やがて明石の姫君は東宮に入内、冷泉帝によって源氏は准太上天皇という歴史上例をみない処遇を受け、帝にまさるとも劣らない栄華をきわめた。

老いて病がちになって出家を願う朱雀院は、愛娘女三の宮の将来を懸念し、思案の末、源氏に託そうとする。源氏は、女三の宮が紫の上と同じく藤壺の宮の姪であることや東宮の姉妹であることに心動かされ、結婚を承諾する。しかし、予想外に女三の宮は未熟だった。源氏はかえって紫の上への愛情を深めるが、突然の高貴な正妻の出現に、紫の上は内心苦悩を深めつつも、それを隠して六条の院の調和につとめる。

いっぽう頭の中将の息子の柏木は、女三の宮が源氏に降嫁した後も執着し続ける。六条の院の蹴鞠の日に女三の宮を垣間見て思いを募らせ、ついに情交に及ぶ。じつは六条の院には六条の御息所の死霊が跳梁しており、その仕業なのだった。

やがて女三の宮は懐妊した。源氏は柏木が宮にあてた手紙を見とがめ、密通に気づく。女三の宮の不義の子である薫を、実子として抱くことを余儀なくされた源氏は、若き日のみずからの罪を思って深い憂愁に落ちる。

柏木は、六条の院での朱雀院五十の賀の試楽の日、源氏に言われた皮肉に恐れをなして重い病の床に伏し、死に急ぐように死ぬ。女三の宮は薫出産を機に父朱雀院の手で出家してしまう。

紫の上は、出家を願いつつも源氏に許されないまま亡くなった。源氏はその死を哀傷しながら出家の準備をするのだった。

源氏の若き日から兆した出家願望がついに物語の中で実現されないのは、現世の人間関係の中に苦悩する光源氏を描くところにこそ、この物語の主眼があったためと考えられる。

女三の宮と柏木との不義の子薫は、出生の秘密を感じ取り、現世の栄華に心が馴染まず仏道に傾倒している。薫は、世捨て人、故桐壺院の八の宮を仏道の友と仰いで宇治に通ううちに、その娘である大君に惹かれ始める。

八の宮の死後、薫は大君に求婚するが、大君は妹中の君との結婚を薫に勧める。薫は中の君を匂宮に結びつけ、大君の決意を促すが、大君は薫の求愛を拒んだまま亡くなった。大君を追慕するあまりに中の君に懸想をする薫に、中の君は、大君によく似た異母妹浮舟を紹介する。やがて薫・匂宮ともに浮舟と恋に落ち、板挟みとなった浮舟は入水を試みる。横川の僧都に助けられ小野の里で尼になった浮舟が薫の迎えに応じないまま、物語は幕を閉じる。